Selon la génétique mendélienne, chacun hérite de deux copies de ses gènes : l'une de sa mère et l'autre de son père. Un gène est généralement "actif" sur les deux copies, de sorte que, qu'il soit hérité de la mère ou du père, un allèle aura le même effet sur le phénotype de la progéniture.
Cependant, il arrive qu'une seule de ces deux copies soit active (oufonctionnelle) et que l'autre soit réduite au silence. Lorsque cela se produit, on parle d'empreintegénomique !
Le phénomène de l'empreinte génomique se produit lorsque les gènes sont exprimés différemment selon qu'ils ont été hérités du parent mâle ou du parent femelle.
L'empreinte génomique a été observée principalement chez les mammifères tels que les humains et les souris, et ces gènes imprimés ont tendance à se trouver sur les autosomes (gènes non liés au sexe). Il existe deux types de gènes à empreinte :
Les gènes àempreinte maternelle sont des gènes qui sont réduits au silence ("désactivés") lorsqu'ils sont hérités de la mère. Ainsi, seul l'allèle du père est exprimé dans la descendance.
Les gènes àempreinte paternelle sont des gènes qui sont réduits au silence lorsqu'ils sont hérités du père. Ainsi, seul l' allèle de la mère est exprimé dans la descendance .
Lafigure 1 montre une façon simple de visualiser l'empreinte maternelle.
Figure 1. Une visualisation simple de l'empreinte maternelle, StudySmarter Originals.
Lorsque l'on dit qu'un gène est imprimé, alors ce gène est réduit au silence !
Lafigure 2 montre un exemple d'empreinte maternelle et paternelle. Remarque que le concept de dominance n'a pas de sens pour les gènes imprimés car les loci imprimés sont fonctionnellement hémizygotes (ils se comportent comme s'ils n'avaient qu'un seul allèle puisque l'autre est inactif).
Schéma de l'empreinte génomique
L'empreinte génomique se produit dans l'ovule ou le sperme des parents. Rappelle que normalement, un ovocyte (œuf) contenant la composante maternelle du génome est fécondé par un spermatozoïde contenant la composante paternelle du génome. Il en résulte un ovocyte fécondé contenant la moitié de l'ADN de la mère et la moitié de l'ADN du père. Mais si le phénomène de l'empreinte génomique est présent, alors une seule copie du gène sera active (celle de la mère ou celle du père) tandis que l'autre copie sera réduite au silence !
Un exemple courant d'empreinte génomique est observé dans un locus contenant une paire de gènes : igf2 et H19. Igf2 est un gène codant pour le facteur de croissance 2 analogue à l'insuline, tandis que H19 code pour un ARNm non traduit dont la fonction est inconnue(figure 3). Le chromosome paternel et le chromosome maternel contiennent tous deux ces deux gènes, et ils sont séparés par une protéine isolante appelée CTCF. La région de l'enhancer contrôle l'expression des deux gènes en se liant à un activateur et en recrutant la machinerie de transcription vers les deux gènes.
Dans le chromosome maternel, remarque que le gène Igf2 a été désactivé. L'isolateur le protège donc de la transcription. Dans ce cas, l'activateur n'activera que la transcription du gène H19.
Le contraire est vrai dans le chromosome paternel. Ici, remarque qu'un segment du chromosome où se trouvent l'isolateur et le promoteur du gène H19 a été méthylé (tu apprendras ce qu'est la méthylation de l'ADN dans un instant !) Cela empêche l'activateur d'activer la transcription du gène H19, il n'activera donc que la transcription de igf2 .
Pour faire court, on peut dire que dans le chromosome maternel, H19 est actif, et igf2 est inactif (empreinte maternelle). En revanche, igf2 est actif et H19 est inactif sur le chromosome paternel (empreinte paternelle).
Lorsque les chercheurs ont étudié des souris(figure 4) pour connaître les résultats de la réduction au silence du gène igf2, ils ont découvert que si l'allèle mutant igf2 était hérité de la mère, les souris auraient une taille normale car l'allèle mutant serait réduit au silence et ne s'exprimerait pas.
Cependant, si l'allèle mutant igf2est hérité du père, les souris sont plus petites, car l'allèle mutant s'exprime et l'allèle normal de la mère est réduit au silence. On peut donc dire que le gène igf2 chez la souris est un exemple d'empreinte maternelle (c'est-à-dire que l'allèle de la mère est réduit au silence) parce que le caractère de taille (nain) dépend de l'expression de l'allèle paternel.
Processus d'empreinte génomique
Le processus le plus courant qui peut conduire à l'empreinte génomique est la méthylation de l'ADN.
Laméthylation de l'ADN est le processus qui consiste à ajouter des groupes méthyles à certaines bases de l'ADN (bases G-C). La méthylation de l'ADN entraîne l'extinction des gènes.
Explorons le processus d'empreinte génomique par méthylation de l'ADN. Fondamentalement, un gène s'éteint lorsqu'un groupe méthyle (-CH3) est attaché à l'ADN.
Lorsque la lignée germinale développe un gène qui a évolué pour être imprimé par le père, ce gène aura une étiquette de séquence qui indiquera aux facteurs de transcription que ce gène doit être méthylé ("éteint" en lui ajoutant un groupe méthyle) avant la formation des gamètes. De même, si un gène a évolué pour être marqué par la mère, son étiquette de séquence sera reconnue par les facteurs de transcription et il sera méthylé (réduit au silence) avant la formation des gamètes.
Une cellule de la lignée germinale est une cellule spéciale qui produira des gamètes (les gamètes sont les spermatozoïdes ou les ovules chez les humains).
Lafigure 5 présente un modèle d'héritage de la méthylation de l'ADN. Chez les mammifères, le groupe méthyle est ajouté à la cytosine dans un dinucléotide CG.
Maladies de l'empreinte génomique
Normalement, l'empreinte génétique n'est pas nocive. Cependant, des troubles peuvent parfois survenir si des mutations ou des défauts se produisent dans les régions de contrôle de l'empreinte des gènes.
Le syndrome de Prader-Willi (figure 6) est un exemple courant de maladie de l'empreinte génomique. Il peut être causé soit par la délétion d'une certaine région du chromosome 15 héritée du père, soit par l'héritage des deux copies du chromosome 15 de la mère qui ont été méthylées (réduites au silence). Certains symptômes du syndrome de Prader-Willi comprennent un faible tonus musculaire, un retard de développement, des problèmes de comportement et une suralimentation (obésité infantile précoce).
Or, si la délétion de cette même région du chromosome 15 est héritée par la mère, ou si les deux copies du chromosome proviennent du père, alors la progéniture développera le syndrome d'Angelman. En raison de ce syndrome, les individus souffrent d'une grave déficience intellectuelle, de crises d'épilepsie, de troubles de l'élocution et de rires inappropriés.
Une cellule fille recevant deux copies d'un gène du même parent au lieu d'une copie de chaque parent se produit généralement en raison d'erreurs dans la méiose. C'est ce qu'on appelle la disomie uniparentale.
Certains cancers sont également associés à des erreurs/mutations dans la méthylation de l'ADN. Par exemple, l'inhibition de gènes suppresseurs de tumeurs ou la perte d'empreinte (permettant l'activation de gènes normalement supprimés) peuvent entraîner le développement de cellules cancéreuses.
Exemple d'empreinte génomique
Enfin, examinons un exemple impliquant l'empreinte génomique chez les plantes. Chez les mammifères, l'empreinte peut se produire dans les embryons et dans différents tissus adultes, alors que chez les plantes, l'empreinte ne peut se produire que dans le tissu de l'endosperme .
L'endosperme est une structure qui soutient la croissance de l'embryon ou de la plantule en produisant des lipides, de l'amidon et des protéines de stockage. Il peut également servir de médiateur pour le transfert des nutriments d'origine maternelle qui seront absorbés par l'embryon.
En étudiant l'endosperme d'Arabidopsis par des approches expérimentales classiques, les chercheurs ont trouvé 11 gènes imprimés : 8 exprimés par la mère et 3 exprimés par le père. Puis, en utilisant des techniques modernes telles que la RT-PCR, ils ont pu trouver 112 autres gènes exprimés par la mère et 9 gènes exprimés par le père.
Ces gènes imprimés ont différentes fonctions dans les plantes, comme la régulation de la méthylation de l'ADN, les composants de la signalisation hormonale et les voies des petits ARN !
Comme l'endosperme est souvent formé par la fusion de deux cellules maternelles avec un gamète mâle, on dit que l'endosperme est un génome triploïde (3n).
J'espère que tu sais maintenant ce qu'est l'empreinte génomique !
L'empreinte génomique - Principaux enseignements
L'empreinte gén omique est un phénomène dans lequel les gènes sont exprimés différemment selon qu'ils ont été hérités du parent mâle ou du parent femelle.
Lesgènes à empreinte maternellesont des gènes qui sont réduits au silence ("désactivés") lorsqu'ils sont hérités de la mère. Ainsi, seul l'allèle du père est exprimé dans la descendance.
Les gènes àempreinte paternelle sont des gènes qui sont réduits au silence lorsqu'ils sont hérités du père. Ainsi, seul l' allèle de la mère est exprimé dans la descendance .
Le processus le plus courant qui peut conduire à l'empreinte génomique est laméthylation de l'ADN (), qui consiste à ajouter des groupes méthyles à certaines bases de l'ADN (bases G-C), ce qui conduit à l'extinction des gènes .
Références
Xiao, W. (2012). Technologies spécialisées pour l'épigénétique chez les plantes (N. Engel, Ed.). Springer Link ; Humana Press. https://link.springer.com/protocol/10.1007%2F978-1-62703-011-3_16
Urry, L. A., Cain, M. L., Wasserman, S. A., Minorsky, P. V., Orr, R. B., & Campbell, N. A. (2020). Campbell biology (12e éd.). Pearson.
Griffiths, A. J. F., & Al, E. (2012). Introduction à l'analyse génétique. W.H. Freeman, Cop. [I.E.
Hartwell, L., Goldberg, M. L., Fischer, J. A., & Hood, L. E. (2021). Génétique : des gènes aux génomes. Mcgraw Hill Education.
L'impression génomique est importante car elle influence le développement et certaines maladies, en régulant l'expression de gènes spécifiques.
Comment fonctionne l'impression génomique?
L'impression génomique fonctionne par la méthylation de l'ADN, qui marque certains gènes pour être actifs ou inactifs en fonction de leur origine parentale.
Quels sont des exemples de maladies liées à l'impression génomique?
Des maladies comme le syndrome de Prader-Willi et le syndrome d'Angelman sont liées à des anomalies de l'impression génomique.
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Lily Hulatt
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Lily Hulatt is a Digital Content Specialist with over three years of experience in content strategy and curriculum design. She gained her PhD in English Literature from Durham University in 2022, taught in Durham University’s English Studies Department, and has contributed to a number of publications. Lily specialises in English Literature, English Language, History, and Philosophy.
Gabriel Freitas is an AI Engineer with a solid experience in software development, machine learning algorithms, and generative AI, including large language models’ (LLMs) applications. Graduated in Electrical Engineering at the University of São Paulo, he is currently pursuing an MSc in Computer Engineering at the University of Campinas, specializing in machine learning topics. Gabriel has a strong background in software engineering and has worked on projects involving computer vision, embedded AI, and LLM applications.